1990 год стал знаменательным годом в истории Богоявленско-Анастаси́иного монастыря.
После многолетнего запустения на всей огромной территории возле главного храма обители, в котором размещался Архив, мона-стырь стал постепенно благоукрашаться.
На сегодняшний день, когда отмечается 30-летие со дня возрож-дения, анализируя отношение государственной власти к Церкви, можно сказать, что благодаря Архиву Костромской области был сохранён главный храм обители – собор.
Богоявленскому собору повезло, как бы странно это ни звучало. Само строение не подверглось кардинальной перестройке. К тому же в решении Костромского горисполкома от 27 августа 1947 г. он значился в перечне памятников архитектуры и считался «неприкосновенным историко-художественным наследием национальной культуры и достоянием республики». К таким памятникам архитектуры было особое внимание. В документе подчеркивалась необходимость правильного использования здания для сохранности памятника. Более того, было известно о планах по размещению в соборе музея декора-тивно-прикладного искусства с органным залом, а под колокольней – музея боевой славы. Однако сохранились документальные свидетельства, которые помогут восстановить ход событий до передачи монастыря Церкви.
Устроителем Богоявленского монастыря называют преподобного Никиту, пришедшего на окраину тогдашней Костромы ещё осенью 1425 года. Первые молитвы, назидание братии проходили под сводами деревянного Богоявленского храма. Сохранившийся до наших дней белокаменный пятиглавый Богоявленский собор был построен Игуменом Исаией (Шапошниковым) в 1565 году. Его стены помнят богатую событиями многовековую историю обители: годы расцвета и полного запустения, щедрые вклады, поддержку Великих князей и Государей Российских.
Набеги иноземных захватчиков подрывали силы и нарушали мирное течение церковной жизни: замолкали колокола, гасли лампа-ды у святых икон... Но это было лишь на время, пока не появлялись люди, горящие духом, способные восстановить из небытия и забвения костромскую святыню. Примером может служить Игумения Мария (Давыдова, 1822-1889), возложившая на себя труд по возрождению обители. В первую очередь работы начались над стоявшим без куполов и кровли Богоявленским собором, считавшимся главным храмом монастыря. Матушка-Настоятельница приняла необычное решение – существенно расширить имеющееся строение за счет пристройки к нему с западной стороны так называемого «нового собора» – пятиглавого четырехстолпного храма из красного кирпича. Таким образом, сам собор (строился с 1559 по 1565 гг.) стал алтарной частью нового храма. Строительные работы занимали много сил и средств. Однако решительность и самоотверженность Настоятельницы нашли благодарный отклик у всех сословий Костромской губернии. Значительная часть денег на реконструкцию была собрана горожанами, о чем свидетельствует отчёт о расходах по восстановлению Богоявленского со-бора.
К сожалению, необходимо упомянуть, что временами располагавшаяся семинария в стенах обители наносила непоправимый урон зданиям монастыря, о чём свидетельствует книга: «Несколько заме-ток о возрожденном Богоявленско-Анастасиином монастыре», когда сами семинаристы разбирали собор по кирпичу. И только благодаря царственным наследникам – великим князьям и Игумении Марии удалось спасти многовековую Святыню – Собор.
После стихийного бедствия 1982 года Церковь лишилась своего драгоценного убранства в соборе, только лики святых на фресках поражали чистотой старинного письма. Но вскоре большая часть росписей скрылась за массивными деревянными двухэтажными стеллажами и плотно размещенными на них документами. Но благодаря Архиву в начале губернскому, а затем и областному, внутренний вид собора был сохранён.
На деле же с каждым годом собор всё больше ветшал… Местные архитекторы, реставраторы осознавали культурно-историческую значимость храма, занимались его детальным изучением. В частности, комиссия, собранная 16 августа 1967 г., выявила в ряде мест архивохранилища аварийное состояние штукатурного слоя, несущего древнюю стенопись. В акте, составленном по итогам работы специалистов, указывалось, что имелись случаи массового обвала штукатурки со стен и сводов. Основной причиной разрушения было отсутствие системы отопления и вентиляции. За зиму стены четверика промерзали, а на отдельных участках даже покрывались толстым слоем инея. По весне архивистам приходилось собирать скопившуюся на полу воду. Подобные обрушения, которые повторялись и в последующие годы, приводили к невосполнимой утрате уникальных фресок XVII ве-ка, а также угрожали безопасности людей, ежедневно работавших в соборе. Кроме того, от сырости и плесени страдали документы. Члены комиссии предлагали построить новое помещение, приспособленное для хранения архивных материалов, и тем самым сменить профиль использования здания храма. Однако положение осталось прежним и через год, и через пять и даже через десять лет.
Конечно, было бы ошибкой не упомянуть о реставрационных работах, проходивших на монастырской звоннице в 1970 году. Из текста письма начальника управления культуры Костромского облисполкома Ф.М. Нечушкина заместителю министра культуры РСФСР видно, что в 1978 г. планировалась позолота креста и главы колокольни. В ней хотели разместить музей боевой славы костромичей. В 1980 г. в Костромской специальной научно-реставрационной производственной мастерской проводилась подготовка документации по приспособлению комплекса монастырских зданий под музей древней живописи и народно-прикладного искусства. Но грандиозные планы столкнулись с суровой действительностью.
В ходе проверок архивохранилища в начале и в конце 1981 г. было выявлено значительное количество новых трещин в стенах Богоявленского собора. Повреждения свидетельствовали о неблагополучном состоянии фундамента строения. Участились случаи обрушения красочного слоя. Требовалось срочное проведение инженерных мероприятий по укреплению кладки и штукатурки. Подобные работы могли осуществиться только после полного освобождения пространства от излишней нагрузки. Речь шла о выводе архива из собора. Тем не менее, в городе не нашлось подходящего здания, в котором можно было бы даже на время разместить около 1 миллиона единиц хранения. Строительство нового помещения, начатое ещё в 1974 г., затягивалось.
Как выше говорилось, в 1982 году Богоявленский собор находился в плачевном состоянии и производил удручающее впечатление на окружающих. Костромской облисполком своим решением от 18 августа 1982 г. обязал Управление культуры внести предложения по реставрации всего монастырского комплекса для последующего использования площадей под выставочные залы музея изобразительных искусств. В срочном порядке предписывалось провести заделку оконных и дверных проемов в поврежденном соборе, а также осуществить ремонт его кровли. Эти меры позволили бы в дальнейшем приступить к работам по консервации уцелевших фрагментов живописи. Однако, изучив документы управления культуры Костромского облисполкома за 1982-1984 гг., стало очевидным, что поставленные задачи оперативно решить не удалось. Дважды, в октябре 1982 г. и в январе 1983 г., на имя начальника архивного отдела Костромского облисполкома А.М. Елизарова поступили письма с указаниями начать строительство кровли и заделку оконных проёмов. В результате, несмотря на неоднократные напоминания, особых сдвигов в решении поставленных задач не происходило. А тем временем, по сообщению милиции, осенью 1984 г. в собор через раскрытые окна стали проникать посторонние люди. Более того, уже в марте 1990 г. в день возвращения собора Костромской епархии Т.Г. Гончарова отмечала, что памятный снимок был сделан «у красной кирпичной стены, где ещё лежат груды строительного мусора, а в открытые окна влетают весенние птицы».
Реставрация храма древней обители затягивалась. Видя темпы проводимого строительства, довольно трудно было представить, что когда-нибудь костромичи и гости нашего города смогли бы посетить экспозиции, которые планировалось разместить в стенах Богоявленского собора. Хотя уже с 1980 г. велась подготовка и отбор будущих экспонатов. Исходя из проекта 1985 г. один из залов музея предполагалось устроить в четверике церкви, а в алтарной части – выставку икон и просмотр уцелевших старинных фресок. В 1989 г. проекты стали ещё более детальными. К прежним разработкам добавилось устройство органного зала. Подбирались цвета для покраски стен, материалы для отделки помещений, подробно прорисовывались от-дельные элементы будущих интерьеров.
Но чертежи так и остались на бумаге. Сама жизнь внесла коррективы в сложившуюся обстановку. В конце 80-х годов XX века в стране произошли значительные перемены в церковно-государственных отношениях. В 1988 г. состоялись торжественные мероприятия по случаю 1000-летия Крещения Руси, понемногу стало увеличиваться число православных храмов, начала возрождаться монашеская жизнь. 13 сентября 1989 г. Святейшим Патриархом Московским и всея Руси Пименом и Священным Синодом Русской Православной Церкви был назначен на Костромскую кафедру епископ Костромской и Галичский Александр (Могилёв). Заняв Костромскую кафедру, владыка принял решение о духовном возрождении Богоявленско-Анастасииного монастыря. В 1990 году Епископ Александр одновременно ходатайствовал перед Святейшим Патриархом о передаче монастыря Церкви. 12 февраля 1990 г. Костромской горисполком дал согласие на передачу строения.
1 марта 1990 г. был получен положительный ответ от Костромского облисполкома. 19 марта 1990 г. заместитель начальника областного управления культуры А.В. Кузнецов, уполномоченный Совета по делам религии Михаил Васильевич Кузнецов и Епископ Костромской и Галичский Александр составили документ о передаче. На первый взгляд достичь согласия в решении вопроса удалось довольно быстро. Однако немало усилий пришлось приложить Владыке Александру для того, чтобы монастырь был возвращён Церкви. Не осталось в стороне и население города. В Костромское управление культуры приходили письма от верующих граждан, от работников заводов, творческих организаций, учителей, журналистов в поддержку идеи возвращения. Многие отклики публиковались на страницах «Северной Правды».
В то время было получено личное Благословение Святейшего Патриарха на устроение Богоявленско-Анастасииного женского монастыря. Тогда Епископ Александр направил на рассмотрение горисполкома заявление о регистрации женской монашеской общины и прилегавших двух корпусов. Возражений сверху не последовало. Более того, накануне дня празднования Казанской иконы Божией Матери Святейший Патриарх Алексий II подписал Указ о возрождении монашеской жизни в древнем Богоявленско-Анастасиином монастыре.

Настоятельницей монастыря Священным Синодом Русской Пра-вославной Церкви была назначена из Пюхтицкого Успенского мона-стыря Игумения Иннокентия (Травина).
Фотографии свидетельствуют, в каком состоянии был принят монастырь.
Определенным рубежом в деле созидания стало освящение собора. Богоявленский собор получил статус кафедрального 18 августа 1991 года. 29 августа, после Божественной Литургии, Епископ Александр возглавил Крестный ход с Феодоровской иконой Божией Матери из Воскресенского собора в Богоявленский.
После состоявшихся торжеств, на которых участвовало 10 тысяч народа, под сенью Чудотворного образа, труды по воссозданию Богоявленско-Анастасииного женского монастыря и обустройству монастырской территории продолжаются.