Новый этап каменного строительства связан с именем выдающегося Настоятеля Монастыря Архимандрита Герасима. В 1642 г. начали строить каменную ограду с четырьмя башнями. На ограде были высокие двурогие зубцы, а в кладке заложены камни-валуны. В это время были выстроены Настоятельский и Братский корпуса, Больничная и Казенная палаты, хозяйственные постройки.Архимандрит Герасим в начале своего жизненного пути подвизался в Киево-Печерской Лавре, затем ушел в Кострому, в Богоявленский Монастырь, где в должности эконома строил валунно-кирпичную ограду по образцу Киево-Печерской Лавры. Будучи Игуменом Богоявленского Монастыря, Архимандрит Герасим, подобно Преподобному Никите, вновь, через два века стал духовным руководителем монашества на Костромской земле. Преподобный Никита установил в Богоявленской Обители древний Устав Троицкого монастыря Преподобного Сергия, а Архимандрит Герасим принес сюда духовное наследие Киево-Печерской Лавры и Устав Лавры.
Архимандрит Герасим был строителем, иконописцем, неутомимым подвижником Церкви и ревнителем умилительного Киево-Печерского пения. По образцу Киево-Печерской Лавры, он перенес в Костромской Богоявленский Монастырь традиции праздника Успения Божией Матери с выносом Святой Плащаницы. Игумен Герасим своим духовным авторите-том возвысил Богоявленский Монастырь не только церковным благолепием и пением, но и богоугодным чином общежития, прививая братии послушанием утверждаться в единодушии.
В 1652 году Царь Алексей Михайлович особою грамотою "поручил Игумену Герасиму иметь надзор за священнослужителями города Костромы и всей округи Костромской, не имевшей тогда епархиального Архиерея, с правом подвергать наказаниям нарушителей церковнаго благочиния".
В продолжении последующих почти ста лет по царскому указу все Игумены Богоявленского Монастыря также были духовными и административными руководителями Костромской земли, т.к. Костромская Епархия была учреждена только с 1744 года.
С 1667 по 1672 гг. под руководством Архимандрита Герасима Монастырь был расписан артелью костромских изографов, возглавляемых Гурием Никитиным и Силой Савиным. В 1672 году, на стене лицом к городу была написана Смоленская Икона-фреска. Богоявленский Монастырь становится значимым памятником русского зодчества. О высоком статусе Монастыря свидетельствует то, что преемник отца Герасима Игумен Павел в 1680 году был возведен в сан Архимандрита. Архимандритами были и все последующие Настоятели вплоть до 1847 года, до перевода монахов на Игрицкое подворье Богоявленского Монастыря.
Архимандрит Герасим отошел ко Господу 20 ноября 1673 года и был похоронен в подклети Собора, где из всех Настоятелей этой чести удостоились лишь два Игумена: Преподобный Никита и Преподобномученик Исаия (Шапошников) – строитель Собора.
В 1760 году при Игумене Софронии (Тернолетов, 1756-1771) была построена церковь Св. Николая Чудотворца с приделом во имя Архистратига Михаила, возведенная над почившим в том году благотворителем Монастыря – генерал-майором Михаилом Петровичем Салтыковым его супругой Екатериной Михайловной Салтыковой (+ 1767 г.). Храм в стиле барокко стал последней постройкой Салтыковых в Богоявленском Монастыре.
В 1764 году последовал указ об отобрании сел, принад-лежащих Богоявленскому Монастырю и монастырских крестьян, которых было 4 981 человек. С этого года каменное строительство приостановилось на многие десятилетия. Кроме того, стихийное бедствие 13 мая 1779 года повредило большую часть Костромы. Именно с этого времени начинается особое чествование фрески – Смоленской Иконы Божией Матери. Юго-западная каменная башня и часть стены, на которой была изображена Икона, оказались разрушенными, но Икона, деревянный киот и лампада остались совершенно невредимы. Толпы народа, приходя в Монастырь, со слезами и "многим рыданием" молились у Чудотворной Смоленской Иконы-фрески Божией Матери. В том же 1779 году, после учреждения в Костроме наместничества, все монастырские корпуса, исключая келии, были обращены в административные здания города, так называемые присутственные места: Гражданская палата, Губернский Магистрат, городовой Магистрат, Верхний и Нижний Земский суды, Уголовная палата, Верхняя и Нижняя расправа с их неприемлемой для Монастыря деятельностью среди тихих иноческих келий. Такое испытание для Обители продолжалось 30 лет – до 1809 года.
В 1814 году в стенах Богоявленского Монастыря была устроена Духовная Семинария. Спустя 7 лет, в 1821 году, Настоятелем Богоявленского Монастыря и ректором Духовной Семинарии был назначен любимый ученик Святителя Филарета (Дроздова), воспитанник Глинской пустыни, впоследствии просветитель и миссионер Алтая, переводчик ветхозаветных книг Преподобный Макарий (Глухарев, 1792-1847), который в свое управление Монастырем построил Смоленскую церковь. Пребывание Семинарии в Богоявленском Монастыре по словам историка Баженова, закончилось в 1847 году в связи со стихийным бедствием, нанесшим огромный ущерб городу. В это время проявился особый Промысл Божий о Богоявленской Обители… Первое – это то, что в 1847 году монахи Крестовоздвиженского и Богоявленского Монастырей были переведены на Игрицкое подворье Богоявленского Монастыря и второе – в том же 1847 году, по Благословению Святителя Филарета Митрополита Московского (Дроздова) и Архимандрита Троице-Сергиевой Лавры Преподобного Антония (Медведева), в Анастаси́ин Ризположенский девичий Монастырь поступила Игумения Мария (Давыдова).
Игумения Мария вместе со своей духовной матерью Игуменией Платонидой знала историю Костромских Монастырей: Крестовоздвиженского, утвержденного с 21 декабря 1680 года женским16) и Анастаси́иного Ризположенского.
Первоначально Крестовоздвиженский Монастырь был мужским и располагался в Костромском кремле, но в связи с двумя стихийными бедствиями – в 1773 году был упразднен, а в 1847 году переведен в Богоявленский Монастырь – на Игрицкое подворье Богоявленского Монастыря (ныне Игрицкое подворье Ипатиевского Монастыря).
Архимандритами Крестовоздвиженского Монастыря были: Иаков (1580-1588), Геннадий (1598-1609), Корнилий (1610-1636), Тихон (1642-1646), Иоасаф (1650), Филарет (1652,1653,1656,1658-1662), Паисий (1664-1665), Павел (1667-1671), Сергий (1678-1680). С 21 декабря 1680 года по царской грамоте утвержден женским Монастырем, монахи переведены на Игрицкое подворье Богоявленского Монастыря.
Настоятельницы Крестовоздвиженского Монастыря с1680 г.:
Игумении: Капитолина (21 дек.1680г.), Пелагия (Немцова; 1681-1684), Екатерина (1702-1724), Аркадия (Бешенцо́ва; 1725-1742), Акилина (1763-1772), Нимфодора (1772-1773), Клавдия (1773-1774), Нектария (1775-1781), Александра (Мятлева;1794,1802-1804), Сусанна (1813-1814), София (1829-1832). По переводе в Богоявленский: Игумении: Платонида (1851-1863), Мария (Давыдова; 1864-1889).
Эти два Монастыря были объединены в 1773 году, полу-чив наименование – Анастаси́ин Крестовоздвиженский.
Игумения Мария (София Димитриевна Давыдова) родилась 11 октября 1822 года в семье Московских дворян Давыдовых, к роду которых принадлежал и известный поэт, герой Отечественной войны 1812 года Д. В. Давыдов. Игумения Мария еще в молодости оставила Москву и вместе с матерью поселились в Сергиевом Посаде, где они духовно окормлялись у Наместника Троице-Сергиевой Лавры Архимандрита Антония (Медведева). В 1847 году, по Благословению своего духовного отца Архимандрита Антония, София Димитриевна взяла Благословение у Святителя Филарета Московского на поступление в Костромской Анастаси́ин Крестовоздвиженский Монастырь. В 1856 году была на послушании старшей монастырской больницы. 17 января 1858 года послушница София Давыдова была пострижена в монашество с именем Мария в честь Святой Равноапостольной Марии Магдалины; 3 февраля 1863 года Архиепископом Костромским и Галичским Платоном (Фивейским) монахиня Мария (Давыдова) бы-ла возведена в сан Игумении.
В июне 1863 года Матушка Мария, глубоко переживав-шая запустение Богоявленского Монастыря, предложила Ар-хиепископу Платону объединить его с Анастасииным-Крес-товоздвиженским, и в связи с благополучным решением воп-роса назвать тогда Монастырь БОГОЯВЛЕНСКО-АНАСТА-СИ́ИНЫМ. Поэтому главная заслуга в возрождении святыни Богоявленского Монастыря принадлежит Архиепископу Пла-тону (Фивейскому; 1809-1877) и Игумении Марии (Давыдовой; 1822-1889), названной историком того времени И. В. Баженовым «безсмертной в истории Богоявленского Монастыря».
Возрождение Обители началось на следующий год в престольный монастырский праздник Крещения Господня 6/19 января 1864 года, когда многолюдный крестный ход с Чудотворной Феодоровской Иконой Божией Матери после великого освящения воды на Волге проследовал к монастырским руинам. В летописи это возрождение названо Воскрешением Обители, – Возрождением. В древних источниках сказано, что Преподобный Никита Костромской пришел в Кострому в конце 1425 года и основал Монастырь около 1426 года, в день Богоявления Господня, то есть 6/19 января 1426 года.
В 1864 году, трудами Игумении Марии были утверждены большие строительные работы: к древнему каменному Богоявленскому Храму, построенному в 1565 году, начал пристраиваться так называемый «новый Собор» – пятигла-вый четырехстолпный Храм, возведенный в русском стиле из красного большемерного кирпича, названного «Мариинским». Здесь же действовал по Благословению Игумении Марии и монастырский кирпичный завод. Собор, в котором старому Храму отводилась роль алтаря, а новому – Храму с папертью, пристроенной к колокольне, стал именоваться теперь Богоявленско-Анастаси́иным. Строительство нового Собора продолжалось 5 лет, с 1864 по 1869 гг.
Подвижнические труды Игумении Марии после ее кончины, последовавшей 29 января 1889 года, продолжили ее преемницы – Игумения Евпра́ксия (Горталова), управлявшая Монастырем в 1889-1895 годах; Игумения Анна (Левашова; 1896-1912) и Игумения Сусанна (Мельникова; 1912-1924).
Игумении Анне посчастливилось принимать в Богоявленско-Анастаси́ином Монастыре великого праведника – Праведного Иоанна Кронштадтского, посещавшего Обитель дважды – 19 июля 1897 года и 5 октября 1902 года. Отец Иоанн, совершая Божественную Литургию в день Московских Святителей 5/18 октября 1902 года, сказал: «Много я ездил по Святой Руси, много видал Храмов, но такого прекрасного, такого благолепного Храма не видел и дай Бог, чтобы души этой Обители были такими же благолепными».
В 1913 году Богоявленско-Анастаси́ин Монастырь стал одним из центров торжеств в честь трехсотлетия дома Романовых. Накануне празднования, 18 мая 1913 года, в Кострому прибыли многие представители Царской семьи, в том числе и Великая Княгиня Елисавета Феодоровна, остановившаяся в Игуменском Восточном корпусе в покоях Игумении Сусанны (Мельниковой, 1912-1924). 19 мая на юбилейные торжества по Волге из Нижнего Новгорода в Кострому со своей Царственной семьей прибыл Император Николай II. Из-за обилия праздничных мероприятий сам Государь не смог посетить Богоявленско-Анастаси́ин Монастырь, но 20 мая Богоявленский Монастырь в лице Игумении Сусанны принимал в своих стенах Императрицу Александру Феодоровну и ее Царственных детей – Цесаревича Алексия, Великих Княжен Ольгу, Татиану, Марию и Анастасию. Вместе с Императрицей была и ее сестра, Святая Преподобномученица Великая Княгиня Елисавета Феодоровна, вспоминавшая о том, что пять лет назад, 14 мая 1898 года, в праздник Вознесения Господня, здесь, в Костромской Богоявленской Обители, в Соборе и крипте Монастыря молился ее супруг, московский генерал-губернатор Великий Князь Сергей Александрович.