Богоявленско-Анастаси́ин Монастырь основан в 1426 году по Благословению Преподобного Сергия Радонежского – его родственником и учеником Преподобным Никитой Костромским (1365-1450). Преподобный Никита стал духовным отцом монашества на Костромской земле, он перенес в Богоявленский Монастырь Устав Троицкой Обители Преподобного Сергия. Преподобный Никита обучал монахов труду и молитве, подавал пример служения Богу и ближним, чтил монашеские правила Троицкой Обители и традиции, которые вошли в жизнь насельников Богоявленского Монастыря.

В древней рукописи написано: "В древних синодиках Монастыря именуется строителем места сего Преподобный старец Никита, племянник и ученик Преподобнаго Сергия, живший во время княжения Великаго Князя Василия Васильевича Темнаго и пользовавшийся особенною любовью и уважением его. Долгое время была Обитель чуднаго Богоявления приютом смиренных подвижников веры и иноческаго благочестия, привлекая внутренним богатс-твом добродетелей и внешния вещественныя средства к убранию благолепных Храмов".
Преподобный Никита родился в 1365 году в Ростове, в семье, которая состояла в родстве с Преподобным Сергием Радонежским. "На родственное отношение старца Никиты к Преподобному Сергию указывает то обстоятельст-во, что в синодике Богоявленской Обители записан для поминовения род Преподобного Сергия Радонежского".2)
Преподобный Никита проходил разные послушания в Троицком Монастыре: вместе с братией пёк просфоры, носил воду, пел и читал на клиросе. В 1382 году Преподобный Никита, по Благословению Преподобного Сергия, перешел в Серпуховский Высоцкий Монастырь, в котором в 1395 году он был избран Игуменом. В 1413 году, в связи с 40-летием основания Серпуховского Высоцкого Монастыря, Преподобный Никита был возведен в сан Архимандрита. В 1414 году, помощью Великих Князей Иоанна и Симеона, сыновей Благоверного Серпуховско-Боровского Князя Владимира Андреевича Донского (Храброго), Преподобный Никита ушел в Боровский Высоцкий Монастырь, где воспитал Преподобного Пафнутия Боровского. В книгах историка Ивана Васильевича Баженова пишется о том, что Преподобный Никита был Настоятелем Бо́ровского Монастыря и то, что он продолжал и в Бо́ровском Монастыре строго хранить святые традиции и Устав Преподобного Сергия.
"По изследованиям П. С. Казанского, профессора Московской Духовной Академии в числе учеников Преподобнаго Сергия упоминается под 1414 годом Никита, Настоятель Боровскаго Монастыря Калужской губернии; в Успенском Соборе Сергиевской Лавры имеется изображение Преподобнаго Никиты, в ряду с учениками
Преподобнаго Сергия. Вероятно этот Никита под старость переселился из Боровска в Кострому и здесь около 1426 года основал Монастырь. Можно предположить, что Преподобный Никита перемещен в Кострому по настоянию Князя Василия Ярославовича Боровскаго, как лично ему известнаго и к нему расположеннаго, так как в ХV веке в Богоявленском Монастыре погребены дети князя: Иван, Андрей и Василий".

Знаменательным источником оказалась еще одна древняя рукопись, в которой Преподобный Иосиф Волоцкий пишет о ученике Преподобного Никиты – Преподобном Пафнутии Боровском, воспитавшего его самого – Преподобного Иосифа Волоцкого: "В одном рукописном сборнике в числе учеников Преподобнаго Сергия упоминается Преподобный Никита Богоявленскаго Монастыря, что на Костроме, сродник Сергия Чудотворца. Из учеников Преподобнаго Сергия известен Никита бывший Настоятелем Высоцкаго Монастыря в Боровске. «Видехом, – пишет Иосиф Волоколамский, в десятой главе духовной грамоты, – и святаго отца нашего Пафнутия, иже быше ученик ученика Сергиева старца Никиты Архимандрита Высоцкаго». В подлинниках иконописных встречается при перечислении учеников Преподобнаго Сергия Никита Игумен Боровский сед, брада аки Власиева покороче, власы с ушей спустились, ризы преподобнические. На древней Иконе в Троицком Лаврском Соборе, и в олтаре Успенс-каго Собора в Сергиевой Лавре встречает изображение Ни-киты в кругу учеников Преподобнаго Сергия".

Другой древнейший источник рукописи летописца Бого-явленского Монастыря гласит:
"Пафнутий поступил учеником к Преподобному Никите в 1414 году и пробыл под его руководством лет семь… Преподобный Никита под конец своей жизни удалился в северные области России, где разделилось так мно-го учеников Преподобнаго Сергия между прочим в пределах Костромской губернии: Авраамий Чухломский и Иаков Железноборовский и что Преподобный Никита Боровский был одно лицо с основателем Костромскаго Богоявленскаго Монастыря".
В конце 1425 года Преподобный Никита пришел в Кострому, чтобы выполнить Благословение своего духовного отца Преподобного Сергия. Преподобный Никита Костромской управлял Богоявленским Монастырем с 1426 по 1450 годы.
С 1426 по 1847 гг. управляли Монастырем 52 Игумена.
Игумены Богоявленского Монастыря:
Преподобный Никита (1426-1450, Архимандрит), Игумены: Иов (1450-1466), Антоний (1466-1514), Иона (1514), Па-хомий, Зосима, Вениамин, Симеон, Нифонт, Геронтий, Паисий, Зиновий, Геннадий (1584), Варлаам (ученик Преп. Генна-дия Любимского), Иоаким, Геронтий, Преподобномученик Исаия (Шапошников, Игумен, 1534-1567 гг., строитель Богоявленского Собора, + 1567 г.), Сильвестр с 1567 г., Мисаил, Вассиан, Дамиан, Василий, Арсений (1603-1618, строитель Иоанно-Богословской (1610 г.) и Трехсвятительской (1618 г.) церквей), Макарий (Кучин, 1618-1624), Тихон (1625-1626), Ферапонт (1633-1637), Корнилий (1641), Гермоген (1641-1643), Тихон (1643-1647), Игумен-строитель Антоний (с Запрудненского Монастыря, записан в Богоявленском Монастыре в синодиках 16-17 вв., поминался в Богоявленском Монастыре после Архимандрита Герасима; духовный отец Архимандрита Герасима), Архимандриты: Герасим (1648-1672, киевлянин, строитель ограды, день Ангела 4/17 марта), Исаакий, Евфимий, Павел (1673-1686), Сергий(1687-1689), Корнилий (1690-1700), Феофилакт (1701-1720), Иов (1722-1739), Никанор (1739-1746), Феодосий (1747-1754), Андроник(1754-1756), Софроний (Тернолетов, 1756-1771, строитель Никольской, Салтыковской церкви), Аггей (Колосовский, 1771-1773), Феодосий (1773-1780), Парфений (1780-1809), Август (1809-1820), Макарий (Глухарев, 1821-1824, строитель Смоленской церкви), Архиепископы: Евгений (Баженов, 1824-1829), Афанасий (Дроздов, 1829-1837), Платон (Городецкий, 1837-1839), Нафанаил (Савченко, 1839-1845), Агафангел (Соловьев, с 1845 до 1847 г.).
С 1847 года, в связи со стихийным бедствием, постиг-шим Кострому, монахи Богоявленского Монастыря были пе-реведены на Игрицкое подворье Богоявленского мужского Монастыря.
ИГУМЕНЫ ИГРИЦКОГО МОНАСТЫРЯ: 
Гурий (1624-1645 гг. и 1653 г., строитель), Варлаам (1634), Авраамий (1659, 1665), Варлаам (1670), Патермуфий (1672-1673), Лонгин (1677-1683), Сергий (1683-1686), Иоаким (1687), Афанасий (1690-1701), Сергий (1704-1708), Иосиф (1721), Иоасаф (1724, строитель), Иосиф (до 1738), Варлаам (с 1738), Досифей (1746-1760), Анастасий (1754-1757), Варлаам (1757-1760), Киприан (1760), Иона (1762-1764), Рафаил (1766), Антоний (1781), Парфений (1802, строитель), Евгений (1809, строитель), Порфирий (1838-1850), Агафангел (1850-1851), Порфирий (1855-1858), Порфирий (Соколовский, 1858), Викторин (1859-1861), Вениамин (1862), Вениамин (Благонравов, 1862-1863), Иосиф (Баженов, 1863-1866), впоследствии Епископ. С 1866 года управлял викарий Костромской Епархии.
23 апреля 1559 года, по Благословению Митрополита Московского Макария 9), Игуменом Исаиею (Шапошниковым) началась закладка каменного Богоявленского Собора по образцу Московского Успенского Собора на месте Богоявленского деревянного Храма. Освящал его любимец Ца-ря Иоанна Васильевича Архиепископ Ростовский Никандр. Вскоре после освящения Царь дал вклад и милостыню с царским указом ежегодно 4 января поминать Игумена Исаию, пострадавшего 4 января 1567 года. В синодике Царя были записаны иноки Богоявленского монастыря. Со времени царствования Михаила Романова по просьбе его матери инокини Марфы благодетелями Богоявленского монастыря были из рода в род бояре Салтыковы. Жертвы их безчисленны. Они строили Храмы, целые корпуса для братии, Игуменские покои. Все они похоронены под сводами Богоявленского Собора.
Смутное время также не миновало Обитель. В 1601 году в стране начался голод, который унес жизни многих крестьян и «56 братов» Богоявленского Монастыря. В конце декабря 1609 года отряды Лжедмитрия II захватили Кострому, население которой поддерживало Василия Шуйского. Защищая город Кострому, братия Монастыря вместе с горожанами и монастырскими крестьянами оборонялись, но 30 декабря 1609 года войска ворвались в Обитель. Защищая отечество, монахи по словам летописи, - явили "Достойный памяти потомства пример верности и преданности Престолу и Отечеству. Многие окрестныя селения уступили силе и увлекались обманом, покорились злодею Тушинскому, Богоявленские монахи согласились скорее лишиться своего имущества и пожертвовать самою жизнию, нежели изменить своему долгу и присяге".
Тогда пострадали 13 человек братии, 8 прислужников и 33 прихожанина. Память Святых Преподобномучеников совершается 30 декабря (12 января по нов. ст.).
Преподобномученики Богоявленского Монастыря:
Священноиноки: Трифиллий, Макарий, Савватий. Священно-диакон Афиноген. Иноки: Варлаам, Дионисий, Иона, Иродион, Симеон, Кирилл, Максим, Иоасаф, Гурий. Слуги: Петр, Афанасий,Епифаний. Служебницы: Василий, Иоанн, Стефан, Никита, Диомид. Монастырские христиане: Дорофей, Иуда, Феодор, Иоанн, Василий, Тит, Феодор, Зиновий, Артемий, Севастиан, Симеон, Григорий, Иоанн, Афанасий, Симеон, Илия, Кирилл, Артемий, Стефан, Лукиан, Харалампий, Максим, Иоанн, Иоанн, Кондрат, Сергий, Тимофей, Павел, Василий, Василий, Григорий, Григорий, Симеон.
Насельники Крестовоздвиженского мужского Монастыря, который находился невдалеке от Богоявленского Монастыря, также, защищая Отечество и свою Обитель, мученически отдали свою жизнь 30 декабря 1609 года. В синодике Богоявленского Монастыря с древности были записаны и 11 Преподобномучеников Крестовоздвиженского Монастыря.
Преподобномученики Крестовоздвиженского Монастыря:
Архимандрит Геннадий, Священноинок Антоний. Иноки: Вассиан, Родион, Иеремия, Евфимий, Адриан, Герман, Дометиан, Иоаким, Сисой.
В Богоявленском Монастыре первоначально все здания были деревянными. Первым каменным строением был Богоявленский Собор, выстроенный в 1565 г. В 1603 году, Игуменом Арсением начала строиться церковь Св. Апостола Иоанна Богослова, которая была освящена Священномучеником Патриархом Гермогеном 8 мая 1610 года, а с 1607 по 1618 гг. им была выстроена двухэтажная двуглавая Трехсвятительская церковь во имя Святителей Василия Великого, Григория Богослова и Иоанна Златоуста.
В 1613 году Богоявленский Собор трудами Игумена Арсения с трех сторон был обстроен галереями, а с северной стороны – возведен придел во имя Св. Николая. Тогда же были созданы два крытых каменных перехода, соединившие Богоявленский Собор с теплой Трехсвятительской церковью.
21 февраля 1613 года Настоятель Монастыря – строитель Игумен Арсений присутствовал на Земском Соборе в Москве при избрании на царский трон Михаила Романова. В 1619 го-ду Царь Михаил Романов с матерью – инокиней Марфой совершили паломничество в Макариево-Унженский Монастырь, посетив на обратном пути Богоявленский мужской Монастырь, где Игумену Макарию (Кучин, 1618-1624), для Обители были преподнесены в дар царственные вклады. С тех пор инокиня Марфа начала покровительствовать Богоявленскому Монастырю, направив своих родственников – бояр Салтыковых, которые своими средствами стали помогать Обители и позднее создали в Богоявленском Монастыре свой семейный некрополь. Благодаря царственной заботе матери Царя Михаила Романова, Монастырь начал процветать. В 1620-е годы Игуменом Макарием была построена звонница с Храмом во имя Преподобного Сергия Радонежского. В верхнем ярусе звонницы было 13 колоколов, самый большой весил 16 664 кг.
В 1621 году участники народного ополчения во главе с доблестным Князем-патриотом Димитрием Михайловичем Пожарским молились в Богоявленской Обители. Димитрий Михайлович Пожарский много помогал своими вкладами Богоявленскому Монастырю.