Наступил 1918 год, который для Монастыря был очень трудным. 12 июля 1918 года мужественные сестры при виде красноармейцев, ударили в набат. Звонили до тех пор, пока не сбежались окрестные жители. С июня по октябрь 1918 года, здесь, в Богоявленско-Анастаси́ином Соборе, служил протодиаконом Священномученик Василий Разумов (1879-1937). В 1919 году, уже не в действующей Обители, сестры, проживая при Смоленской церкви, ревностно продолжали выполнять монашеские правила и трудиться по монастырскому Уставу до 1924 года.
В монастырских строениях быстро разместился рабочий поселок, получивший официальное название в 1928 году «Безбожник». Еще в 1919 году губернские власти пытались устроить в Монастыре школу. Но встали на защиту многочисленные верующие. 21 февраля 1920 года Российская коллегия по делам музеев и охране памятников искусства и старины Наркомпроса запретила Костромскому губисполкому использовать здание Богоявленско-Анастаси́иного Собора под школу, как ПАМЯТНИК «ИСКЛЮЧИТЕЛЬНОГО ХУДОЖЕСТВЕННОГО И ИСТОРИЧЕСКОГО ЗНАЧЕНИЯ».
11 декабря 1925 года, постановлением президиума Костромского губисполкома здание Собора было передано во владение Губернского архивного бюро, которое размещалось в Соборе 60 лет, сначала как губернский, а затем областной архив. В 1936 году были разрушены Никольская церковь, уничтожено старинное кладбище, засыпан монастырский пруд. Территорию бывшего Монастыря застроили сараями, их было 73.
В 1982 году местными несовершеннолетними жителями, жившими вокруг Собора, был нанесен огромный ущерб коллекции документов областного архива и самому Храму. От пламени сильно пострадали кипарисовый иконостас и фрески Гурия Никитина и Силы Савина, а подклеть Храма была залита водой.
Через 72 года, в 1990 году, благодаря Епископу Александру (Могилеву) – ныне – Постоянный член Священного Синода, Глава Митрополичьего округа в Республике Казахстан, было принято решение о возрождении Богоявленского Монастыря. 20 июля 1990 года, по ходатайству Митрополита Александра, Священный Синод Русской Православной Церкви под председательством Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II, благословил открытие Богоявленско-Анастаси́иного женского Монастыря, для возобновления в нем монашеской жизни. Начались реставрационные работы, которыми руководил сам Владыка. К выполнению этого плана удалось приступить только на следующий год.
26 марта 1991 года, в канун празднования Феодоровской Иконы Божией Матери, из Пюхтицкого Успенского Монастыря, по Благословению Святейшего Патриарха Алексия II и Настоятельницы Пюхтицкого Монастыря Игумении Варвары (Трофимовой) в Кострому прибыла Настоятельница монахиня Иннокентия (Травина). На следующий день, за Божественной Литургией Управляющим Костромской Епархией на нее был возложен наперсный крест. Знаменательно это событие в том, что ровно 100 лет назад, в 1891 году, по Благословению Святого Праведного Иоанна Кронштадтского, из Богоявленско-Анастаси́иного Монастыря была направлена в Пюхтицкий Монастырь монахиня Варвара (Блохина́), ставшая первой Настоятельницей Пюхтицкой Обители.
Через 100 лет, в 1991 году, монахиня Иннокентия (Травина), уже из Пюхтицкого Монастыря была направлена в Богоявленско-Анастаси́ин Монастырь для возрождения. Благословением на Игуменство монахине Иннокентии, от ее духовной матери Схиигумении Варвары были написанные на оборотной стороне Феодоровской Иконы слова: «Дорогой Матушке Иннокентии в Благословение на трудный путь…»
29 августа 1991 года, в день празднования Чудотворной Феодоровской Иконы Божией Матери после Божественной Литургии состоялось возведение в сан Игумении первой Настоятельницы Богоявленско-Анастаси́иного женского монастыря монахини Иннокентии (Травиной). Чин возведения совершил пред Феодоровским Образом Богоматери Владыка Александр. Чудотворная Икона к тому времени, 18 августа 1991 года, уже была перенесена в Собор, ставший одновременно кафедральным.
По окончании Божественной Литургии, поздравляя всех с Великим праздником Костромской земли – обретением Чудотворной Феодоровской Иконы Божией Матери, Владыка Александр обратился к Настоятельнице Монастыря со следующими словами: «Всечестная Игумения Иннокентия! Псалмопевец и Пророк Давид говорит: "от Господа стопы человеку исправляются" (Пс. 36, 23). Промысл Божий руководит жизнью людей, взыскующих Царствия Небесного.
Сегодня, по милости Божией, Святейший Патриарх Московский и всея Руси АЛЕКСИЙ благословил мне совершить чин твоего Игуменского возведения. Сердечно поздравляю тебя с принятием сана Игумении древней Богоявленско-Анастаси́иной женской Обители Богоспасаемого града Костромы. Тебе вверяется Церковноначалием духовное окормление данной Обители и сестер, которые будут совершать здесь подвиг монашеского делания. Град Кострома – особое место. Здесь явлена народу Божиему Всероссийская Святыня – Чудотворная Феодоровская Икона Божией Матери. Рассматривай твое постановление в сан Игумении в день празднования Феодоровской Иконе как особый знак милости Царицы Небесной к тебе.
Хотел бы перед тем, как вручить тебе игуменский жезл, по чиноположению церковному, напутствовать тебя словом назидания и отеческого наставления. Сегодня в твоей жизни совершенно особенный день. После уставных молитв церковных ты становишься духовной матерью сестер этой Обители. "Матушка Игумения!" – так будут отныне обращаться к тебе окружающие. Из обыденной жизни мы знаем, что мать заботится о своих детях, воспитывает их, наставляет на правильный жизненный путь.
Тебе предстоит сполна взять на свои плечи духовный труд о спасении твоих духовных детей – сестер Богоявленско-Анастаси́иной Обители. Земная мать любит своих детей, ты же люби духовных чад своих – и наказуй их и милуй; наставляй их примером своей жизни; вразумляй их мудрым советом. Твоя сила – в личном, самоотверженном служении Христу. И еще скажу тебе: ты призвана «к почести вышнего звания» (Флп. 3, 14). «Возложи на Господа заботы твои и Он поддержит тебя» - (Пс. 54, 23). Ты, сестра во Христе, возлагаешь на себя труд возрождения нашей Обители, в которой зажглась лампада духовной жизни. Тебе ве́домы традиции и строй монашеской жизни в Успенской Обители в Пюхтице, где 12 лет под мудрым окормлением всечестной Игумении Варвары ты совершала духовное возрастание от силы в силу, от послушницы до Игумении. С Пюхтицким Монастырем в Эстонии у Богоявленско-Анастасииной Обители града Костромы особые связи. В Успенский Пюхтицкий Монастырь из нашей Обители для устроения монашеской жизни 100 лет назад была послана монахиня Варвара (Блохина́). Она, с Благословения Св.Праведного Иоанна Кронштадтского, много потрудилась для блага Обители, где Матерь Божия на горе явила Свою Пюхтицкую Икону. Сегодня благоустроенная и духовно богатая Пюхтицкая Обитель послала тебя сюда для Возрождения и восстановления из руин этого святого места, осия́нного трудами и подвигами твоих предшественниц – Игумений Платониды, Марии, Евпра́ксии, Анны и Сусанны. Они отдали все свои силы, таланты, энергию и дарования для благоустроения внешнего и внутреннего Святой Обители сей. И ты неустанно трудись, подражай им по слову Ап. Павла. Ныне вступай в предлежащий тебе путь игуменский, осенив себя спасительным Крестом Христовым, с дерзновенной молитвой к Божией Матери, к Преподобному Никите, Собору Костромских Святых, Святителю Иннокентию Московскому, имя монашеское коего носишь. Дух Премудрости и разума, дух совета и крепости, дух ведения и благочестия (Ис. 11, 2) да руководит тобой и да вразумит тебя в твоем новом игуменском послушании и служении Святой Русской Православной Церкви».
Игумения Иннокентия (в миру – Травина Инна Сергеевна) родилась 3 июля 1954 г. в городе Кашира Московской области. По окончании общеобразовательной школы с 1971 г. училась в Московском учебном комбинате и одновременно в вечерней музыкальной школе. В 1978 г. поступила в Пюхтицкий Успенский женский монастырь в Эстонии. 24 февраля 1991 г., накануне празднования Иверской Иконы Божией Матери и Святителя Алексия Московского, была пострижена в монашество с именем в честь Святителя Иннокентия Московского. 20 июля 1990 г., Указом Священного Синода Русской Православной Церкви, был открыт Богоявленско-Анастаси́ин женский монастырь в Костроме. 27 марта 1991 г., в праздник Феодоровской иконы Божией Матери в Костроме, монахиня Иннокентия была утверждена настоятельницей монастыря с возложением наперсного креста. 29 августа 1991 г. в день летнего празднования Феодоровской иконы – возведена в сан игумении. По Благословению Митрополита Александра (Могилёв) в 2003 г. закончила Регентский класс Костромской Духовной Семинарии, а в 2009 г. – Институт управления, экономики, права и искусства. Удостоена многих церковных и светских наград. Святейшим Патриархом Московским и всея Руси Алексием II награждена орденом Святой Равноапостольной Княгини Ольги; орденом Святителя Иннокентия, Митрополита Московского; орденом Святого Благоверного Царевича Димитрия Московского и Угличского Чудотворца. Святейшим Патриархом Московским и всея Руси Кириллом в Троице-Сергиевой Лавре награждена орденом Святой Преподобной Евфросинии Московской. Президентом Российской Федерации Владимиром Владимировичем Путиным награждена орденом Дружбы и другими наградами.
Ответное слово произнесла Настоятельница Монастыря Игумения Иннокентия: «Ваше Преосвященство, Преосвященнейший Владыко АЛЕКСАНДР! Позвольте от имени насельниц Костромского Богоявленско-Анастаси́иного монастыря и себя лично смиренно принести Вам наше сердечное поздравление с празднованием Чудотворной Феодоровской Иконы Божией Матери – Небесной Покровительницы града Костромы, совсем недавно ставшей святыней нашей возрождающейся Обители. Радостным и духовно величественным всегда был для православных костромичей этот праздник. Ныне мы с благоговением мысленно обращаемся к тем далеким временам, когда 7 веков назад, через Богом избранный род Великого Князя Александра Невского – Покровителя Вашего Преосвященства от крещения – был обретён на Костромской земле сей Чудотворный Образ.
Позднее, в 1426 году, сродником и учеником Преподобного Сергия Радонежского – Преподобным Никитой, здесь, на этом месте, был основан Монастырь, переживший многие испытания, и вот, сегодня, мы в благодарности Богу, становимся свидетелями благословенного времени его возрождения. Эта Святая Обитель, дорогой Владыко, родилась от Вашего Святительского сердца, так как первым желанием Вашим, по вступлении на Костромскую кафедру, было возрождение этого Монастыря.
Испытывая высоту и святость происходящего ныне радостного события, не могу не сказать о том, что, как и раньше, до моего прибытия сюда, так и теперь, страшусь я креста нелегкого игуменского послушания. Моя немощь, а порой и малодушие неоднократно заставляли меня отказываться от тяжести настоятельских трудов. И только за послушание я приняла со смирением этот крест как Волю Божию.
Неслучайность сего события усматриваю я в том, что именно в день памяти Святой Мученицы Параскевы мне впервые было сказано об этом моем новом послушании. И лишь по прибытии в Кострому мне стало известно, что Образ Святой Мученицы Параскевы запечатлен на обратной стороне Феодоровской Иконы Божией Матери.
Как всегда, не могу без трепета вспоминать и день моего монашеского пострига, который проходил в стенах Пюхтицкой Обители, находящейся в Первосвятительском окормлении нашего Святейшего Отца – Святейшего Патриарха АЛЕКСИЯ. Оглядываясь на прошедшие 12 лет, проведенные в Пюхтицком Монастыре под опекой моей духовной матери Игумении Варвары (Трофимовой), с благодарностью сознаю, что были они для меня временем подготовки к моему нелегкому послушанию.
И сегодня, в этот дорогой для всех нас день – престольный праздник Костромы – мы смиренно испрашиваем Вашего Отеческого Благословения и молитв Вашего Преосвященства, чтобы Царица Небесная помогала нам в наших трудах по возрождению многострадальной Обители, чтобы под Вашим Святительским Омофором благоуспешно устраивалась наша монашеская жизнь.
Ныне мы, насельницы Обители, объединены горячей верой в Небесную помощь Богоматери, неустанно молимся Ей и просим, да ниспошлет Она Вам, Преосвященнейший Владыко, здравие, великие милости и Свою Божественную помощь в Вашем многотрудном подвиге на благо Богоспасаемой паствы и в утешение Обители нашей. Ис полла эти, Деспота!»
Состояние Монастыря, возвращенного Церкви, было очень печальным: 73 ветхих деревянных двухэтажных сарая на территории, вокруг Собора топкое болото и пять отхожих мест. Здесь высыпа́лся и вылива́лся мусор со всех близлежащих домов, в которых не было коммуникаций – это были бараки, воду брали на двух колонках около Собора и по улице Козуева. Пе́реданная территория была незначительной: разрушены монастырские стены и четыре башни, Никольская часовня, Никольский(«Салтыковский») Храм. Только для вывоза мусора, находившегося на монастырской территории, потребовалось более трехсот машин. Корпуса Обители – Западный, Больничный, Восточный – попрежнему занимали местные жители. Но при участии Федеральных властей и местной администрации, в 1993-1997 годах были освобождены Западный и Больничный корпуса, а в 2001 году – так называемый Восточный корпус, именовавшийся ранее Игуменским, где жили все Игумены Монастыря и позднее – Настоятельницы, и в котором в 1913 году, во время празднования 300-летия Царского дома Романовых, Игумения Сусанна (Мельникова, 1912-1924) принимала Святую Царицу Александру Феодоровну и Преподобномученицу Елисавету.
Постепенно территория Монастыря облагораживалась и возвращалась к истокам. Благодаря администрации города – огромным усилиям и трудам первого заместителя губернатора Костромской области Юрия Феодоровича Цикунова были восстановлены монастырские стены – кирпичная ограда по улице Симановского и по улице Пятницкой с Никольскими воротами.
Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий II трижды посещал Богоявленско-Анастаси́ин Монастырь: с 7 по 10 мая 1993 года, 24 июля 1994 года и 29 августа 2002 го-да. Поклонившись Чудотворной Феодоровской Иконе Божией Матери, Его Святейшеством по окончании Божественной Литургии были преподнесены в дар Богоявленскому Монастырю в лице Игумении Иннокентии (Травиной) «Казанская» и «Смоленская» Иконы Божией Матери и Икона Святителя Иннокентия Московского.
9 мая 1993 года, после завершения Богослужения, Святейший Патриарх Алексий II передал Обители Богослужебное Евангелие, которое еще в 1890 году Настоятельница Богоявленско-Анастаси́иного Монастыря Игумения Евпра́ксия (Горталова) направила в дар будущему Пюхтицкому женскому Монастырю в Эстонии. Об этом напоминает надпись на Евангелии: «Дар Костромского Богоявленского Анастасиинского девичьего Монастыря в церковь Успения Божией Матери, при Общине сестер милосердия Красного Креста в Эстляндии. Костромского Богоявленского Монастыря Настоятельница Игумения Евпра́ксия. 1890 г. Февраля 4 дня».
Благоговейно хранимая пюхтицкими монахинями на протяжении целого века, эта священная книга попечением Предстоятеля нашей Церкви вернулась на Костромскую землю. В память об этом событии Святейший Патриарх Алексий II сделал на Евангелии надпись: «Сие Святое Евангелие было передано в дар новообразованной Общине Успения Божией Матери в Эстляндской губернии в 1890 году, которая в 1891 году была преобразована в женский Успенский Пюхтицкий Монастырь, Игуменией Богоявленско-Анастаси́иного Костромского Монастыря, откуда была назначена и первая Игумения Пюхтицкого Успенского Монастыря Игумения Варвара (Блохина́).
Сейчас это Святое Евангелие из Пюхтицкого Успенского женского Монастыря в Эстонии возвращается в возрождаемый Богоявленско-Анастаси́ин Монастырь Костромской Епархии. Передано Святое Евангелие Патриархом Московским и всея Руси Алексием-II Игумении Монастыря Иннокентии (Травиной) во время первого патриаршего визита в Костромскую Епархию с 7 по 10 мая 1993 г. –
АЛЕКСИЙ, Патриарх Московский и всея Руси. 9 мая 1993 г. Кострома».
По Благословению Митрополита Александра (Могилева) были проведены Игуменией Иннокентией (Травиной) большие реставрационные работы в крипте Богоявленско-Анастаси́иного Собора, где покоятся мощи Преподобного Никиты Костромского: устроен Храм-Усыпальница в честь Преподобного Сергия, Преподобного Никиты и Святого Великомученика Никиты; была организована большая социальная деятельность: в 1991 году создана Богадельня для престарелых и инвалидов, в которой проживали 75 человек; в 1993 году воссоздан первый в новейшей России Приют для детей-сирот и детей, брошенных родителями. В Приюте было воспитано одно поколение детей до их совершеннолетнего возраста. Приют успешно действовал с 1992 по 2004 гг. и был награжден высокими церковными и государственными наградами.
С 2010 года, по Благословению Архиепископа Костромского и Галичского Алексия (Фролова), были проведены мас-штабные ремонтные работы по снятию грунта земли на один метр с целью освобождения зданий Обители от сырости, и приведения их в первоначальный вид; устроен Храм в крипте. По Благословению и на средства Архиепископа Алексия расписан Богоявленский Собор.
Ежедневно в Богоявленском Монастыре возносятся горячие молитвы о СВЯТЕЙШЕМ ОТЦЕ СВЯТЕЙШЕМ ПАТРИАРХЕ Московском и всея Руси КИРИЛЛЕ, который забо-тится о древней Обители. Также Обитель усердно молится «о Властех, Воинстве и о всех людех».
На территории Богоявленско-Анастаси́иного Монастыря с 1991 года в Трапезном корпусе располагается Костромская Духовная Семинария, в Восточном корпусе – Костромское Епархиальное Управление и другие епархиальные службы –швейная мастерская, информационный, юридический отделы и др.
Богоявленский Собор является Кафедральным с 18 августа 1991 года, куда была перенесена Чудотворная Феодоровская Икона Божией Матери. Собор открыт с 7.30 утра до 19 часов вечера.